『有間裕一』（ありま・ゆういち）　　第１話〜

本編の主人公。
宇宙を漂流する『母胎』から発生した珪素生物。
地球を調査するために降り立った場所に居合わせた有間裕一を殺害し、その炭素頭脳と肉体を手に入れた。
以後、『有間裕一』として人間に混じって彼らを観察することになる。

『母胎』（ぼたい）　　第１話〜

宇宙空間を漂流する珪素生物。
かつて『灼熱の星』から炭素生物の手によって追い出された敗者。
主人公たち『子供』を宇宙中に放ち、自分の住める星を探している。

有間裕一（ありま・ゆういち）　　第１話〜

本編の主人公『有間裕一』の炭素頭脳と肉体の提供者。
いきなり目の前に現れた主人公によって殺害され、身体を「提供」させられてしまう。
穏やかな家族愛に恵まれていたが、学園では目立たず居るだけの存在であった、どこにでもいる少年。
故人なので、本編には登場しない。(肉体だけ登場)

有間摩耶（ありま・まや）　　第１話〜

主人公の『妹』。
ほんの少しのそばかすと眼鏡がチャームポイントの小学４年生。
突然性格の変わった『兄』にとまどいつつも、別人であるとは思わずに『家族』として生活していく。

ソーニャ・藤橋（そーにゃ・ふじはし）　　第１話〜

『有間裕一』の通う新都学園への転校生。
金髪ポニーテールで、青眼、白い肌と「日本人じゃない」という特徴を強く持っているが、日本語を始め多くの言語を完璧に操るためにコミュニケーションには困らない。
かなりのパニック症であり、早合点して一人で騒ぎ立てることが多く、独り言症というのも重なってかなりうるさい。

沖田まひる（おきた・まひる）　　第２話〜

『有間裕一』の通う新都学園に在籍する飛び級の天才少女。
世界最高峰のシンクタンクであるＷＩＳＤＯＭで高い評価を得ている「博士」でもある。
自分の研究が理解できない「頭の悪い人間」とは始めから「会話する必要なし」と考えており、他人を思いやらないわがままな言動が目立つ。

沖田美月（おきた・みつき）　　第２話〜

『有間裕一』の担任講師。
美人だが、口数少なくぶっきらぼうで男言葉で話す。
両親の死後、妹のまひるを女で一つで育ててきたため、姉というよりも母親の心境で見守っている。

国木田篤志（くにきだ・あつし）　　第２話〜

『有間裕一』のクラスメイト。
学園でトップクラスの成績と肉体能力を両立させている、クラスのリーダー的存在。
軽い言動からお調子者に思われがちだが、誰よりも「和」を重んじている。

仁村朱音（にむら・あかね）　　第４話〜

『有間裕一』とソーニャ・藤橋が街中で出会う少女。
全然そうは見えないが、屈強の男を凌駕する戦闘力とＷＩＳＤＯＭに関する広い情報網を持つ。
人懐っこくオープンだが、来るもの拒まず去るもの追わずを信条としており、人間関係に関してかなりドライな一面を持つ。

森野美沙（もりの・みさ）　　第６話〜

『有間裕一』のクラスメイト。
誰もがやりたがらない雑務を、周りが知らないうちにこなしていたりする『仕事』好き。
何事もテキパキと処理する「行動第一」派であり、大人しめの美少女風の見た目に反してクラスでは「ボス」格。
何事に関しても正々堂々が信条であり、こと恋愛に関しても大正ロマン的な行動を取ることがままある。
現在はクラス委員長を務めており、日誌のチェックを欠かさない。

藤橋岳蔵（ふじはし・たけぞう）　　第６→７話〜

遺伝子医療の第一人者。ＷＩＳＤＯＭにも所属している。
たいへん情に厚い人物で、その遺伝子医療の目的は「世界からの病気の根絶」という途方も無いもの。
六十歳にして未だに研究覇気は損なわれず、より良き未来のために研究に励む医者の鑑。
だが、その情の厚さゆえに、救えなかった人々を忘れられず苦しむ面もある。
ソーニャの義理の父親であり、かつての主治医でもある。

ガイ（がい）　　第６→７話〜

ＷＩＳＤＯＭで製作されたヒューマンライクロボット。
ほぼ完璧な加工により、外見からは服を脱がない限りロボットであると悟られることはない。
実働からすでに五年以上が経過しており、ＷＩＳＤＯＭのロボット技術の最先端を組み込むためのテスト機体。
現在はまひるの作り出した『分業型ナノマシン』を『脳』に使用しており、ヒューマンライクな（人間のような）思考手順を持つようになっている。

名護香津美（なご・かつみ）　　第８話〜

ＷＩＳＤＯＭに所属する若手研究者。
ナノマシン分野で天才と評されるが、同分野にまひるがいることで常に二番手であることを余儀なくされている
自尊心が高く、自分にとって不快な存在は全て自分に対して悪意を抱いて行動していると思いがち。
精神的に不安定な部分があり、一人になるとそれが顕著に現れる。